Defisiensi magnesium (Mg) mempengaruhi beberapa aktivitas enzim pada tanaman, termasuk asimilasi karbon dioksida (CO₂₎ dan sintesis protein, serta pH seluler dan aktivasi keseimbangan kation-anion. Ini dapat mengurangi kualitas gabah (% beras giling, protein, dan kandungan pati).

Kekurangan magnesium relatif jarang terjadi terutama pada sistem padi beririgasi. 

Kekurangan magnesium  tidak sering diamati di lapangan karena jumlah yang cukup biasanya disediakan dalam air irigasi. Hal ini lebih sering terjadi pada padi dataran rendah dan dataran tinggi tadah hujan di mana Mg tanah telah habis karena penghilangan Mg secara terus menerus tanpa mendaur ulang sisa tanaman atau mengganti Mg yang dibuang dengan pupuk mineral. Banyak tanah sawah tadah hujan secara inheren kekurangan Mg.

Ini dapat terjadi pada jenis tanah berikut:

• asam, kapasitas tukar kation rendah (KTK) tanah di dataran tinggi dan dataran rendah, misalnya, tanah terdegradasi di Vietnam Utara dan bertekstur kasar, tanah masam yang sangat lapuk di timur laut Thailand, Laos, dan Kamboja
• tanah berpasir bertekstur kasar dengan tingkat perkolasi tinggi dan kerugian pencucian
• tercuci, tanah sulfat masam tua dengan kandungan basa rendah, misalnya di Thailand

Identifikasi

Periksa tanaman untuk gejala-gejala berikut:

• klorosis interveinal oranye-kuning pada daun yang lebih tua
• tanaman berwarna pucat dengan klorosis interveinal pertama kali muncul pada daun yang lebih tua dan kemudian pada daun yang lebih muda karena defisiensi menjadi lebih parah
• pewarnaan hijau muncul sebagai "untaian manik-manik" di mana garis-garis hijau dan kuning sejajar dengan daun

Dalam kasus yang parah, klorosis berkembang menjadi menguning dan akhirnya nekrosis pada daun yang lebih tua. Jumlah daun dan panjang daun lebih besar pada tanaman yang kekurangan Mg, dan daun yang kekurangan Mg bergelombang dan melorot karena pemuaian sudut antara pelepah daun dan helaian daun.

Pada defisiensi sedang, tinggi tanaman dan jumlah anakan tidak terlalu terpengaruh. Periksa juga untuk:

• pengurangan jumlah bulir dan berat 1.000 butir
• Toksisitas besi (Fe) mungkin lebih jelas di mana Mg merupakan bagian dari stres defisiensi nutrisi ganda yang melibatkan Kalium (K), Fosfor (P), dan Kalsium (Ca).