Dalam melaksanakan tugas dan fungsi Tri Dharma, Jurusan Manajemen Pertanian Lahan Kering memiliki struktur organisasi yang terdiri dari Ketua Jurusan, Sekretaris Jurusan, Koordinator Program Studi, Kepala Laboratorium, serta Kelompok Jabatan Fungsional.
Pengelola Jurusan Manajemen Pertanian Lahan Kering dipimpin oleh Ketua Jurusan,Jemseng Carles Abineno, SPT, M.Sc, dibantu Sekretaris Jurusan, Marchy Pallo, S.Si, M.Si. Jurusan mengelola tiga Program Studi pada jenjang Diploma IV dan Diploma III yang masing‑masing dipimpin oleh Koordinator Program Studi sebagaimana tercantum dalam Tabel 1. Untuk mendukung proses belajar mengajar, jurusan mengelola lima laboratorium yang masing‑masing dipimpin oleh seorang Kepala Laboratorium sesuai Tabel 2. Kegiatan administrasi dilaksanakan oleh Staf Administrasi yang terdistribusi di jurusan dan tiap program studi seperti disebutkan pada Tabel 3. Dalam pelaksanaan tugas dan tanggung jawabnya, Koordinator Program Studi dan Kepala Laboratorium bertanggung jawab kepada Ketua Jurusan.